Hoy les enseñare como podemos convertir nuestros archivos .MKV a MP4 de una manera muy sencilla y sin perder calidad.
Para poder convertir de MKV a MP4 necesitaremos usar VLC Media Player, por si no lo tienen lo pueden descargar por este link:
https://www.videolan.org/vlc/download-windows.es.html
Abrimos VLC Media Player y nos vamos a la esquina en la parte inferior y seleccionamos Medio y seleccionamos Convertir:

Luego seleccionamos el archivo que deseamos convertir, una vez seleccionado le damos en convertir/guardar:

Luego en Perfil seleccionamos la primera opción que viene siendo H.264+MP3(MP4):

Luego nos vamos a Editar perfil y en Códec de video aquí quitamos el check de mantener pista de video original y lo dejamos tal como esta, en caso tengamos algún problema con el video volvamos a probar marcando la opción de mantener pista de video original:

Luego en Códec de audio dejaremos esta configuración:

Una vez hayamos configurado todo le damos en guardar, luego seleccionamos la ruta donde queremos que se guarde, luego le damos iniciar y automáticamente debería comenzar la conversión del formato del video:

Una vez haya terminado revisaremos el video convertido a MP4, este archivo tiene un peso similar al archivo original:

Y de esta manera sencilla es como podemos convertir archivos de .MKV a MP4. Espero que les sea de ayuda, cualquier duda respondo en los comentarios!